Die Geschichte der Orgeln der Stiftskirche reicht zurück bis ins 16. Jahrhundert. Die erste Orgel fiel dem großen Stadtbrand von 1689 zum Opfer. 1753 erbaute der Straßburger Johann Andreas Silbermann von der berühmten Silbermann-Orgelbauerfamilie zwei Orgeln für die Kirche. 1906 erhielt die Kirche eine neue Orgel. 1953-54 umgebaut, tat sie ihre Dienste bis in die siebziger Jahre. Die heutige Orgel wurde 1987 vom Orgelbauer Johannes Rohlf gebaut, mit 31 Registern und drei Manualen in den Gehäuseproportionen Silbermanns. Über dieser Orgel wurde die Strahlen-Madonna der Voit-Orgel von 1906 angebracht.