Im 18. Jahrhundert barockisierte man den Innenraum der Stiftskirche, später nahm man die meisten barocken Elemente wieder zurück. Der einzige aus der Barockausstattung noch vorhandene Altar ist dem heiligen Johannes Nepomuk geweiht. Er wurde 1753 von Martin Eigler geschaffen, dem Hofschreiner der Markgrafen von Baden-Baden. Weitere Werke von ihm sind u.a. die Altäre in der Kirche des Klosters Lichtenthal und der Schlosskirche Rastatt. Der Altar befindet sich am östlichen Ende des südlichen (rechten) Seitenschiffes. Der Vorraum der Nepomukkapelle wird als Taufkapelle und zur Anbetung genutzt.